Svrha Fakulteta filozofije i religijskih znanosti je na temelju trajno vrijedne filozofske baštine, imajući u vidu novija filozofska i znanstvena istraživanja, gajiti i unaprjeđivati filozofske studije u svrhu dubljeg razumijevanja čovjeka i njegova života, promicanja refleksije i dijaloga s današnjim svijetom te gajiti i unaprjeđivati studij znanosti o religijama i religijskim problemima kako bi se oni što bolje upoznali i nadvladavali u današnjemu svijetu.
Misija je Fakulteta da na izvrstan i prepoznatljiv način ostvari svojim nastavnim, znanstvenim i izdavačkim djelovanjem ove ciljeve:
Pristupanjem europskomu prostoru visokoga obrazovanja i prilagodbom studijskiprograma te stalnim praćenjem i unaprjeđenjem kvalitete znanstvene i nastavne djelatnosti Fakultet izražava svoju javnu odgovornost u izgradnji društva naobrazbom mladih ljudi i znanstvenim radom svojih nastavnika. Fakultet svojim radom na filozofskom i religijskom području želi izgrađivati kulturu dijaloga i suradnje medu različitim svjetonazorima i različitim religijskim zajednicama u Hrvatskoj, Europi i svijetu. U svijetu se 84% ljudi izjašnjava da pripada nekoj vjerskoj zajednici, a u Hrvatskoj je postotak još veći. Stoga je za skladan suživot građana u zemlji i za skladne odnose medu narodima, kulturama i religijama u suvremenome svijetu bitno razvijati uzajamno poznavanje, razumijevanje i kulturu dijaloga.
Fakultet filozofije i religijskih znanosti posvećivat će posebnu pozornost studiju religijskih znanosti (koji je jedini studij te vrste u Hrvatskoj), studiju religija – kršćanstva, židovstva, islama, hinduizma, budizma, dinizma, konfucijanizma i dr. – hermeneutici svetih tekstova, poredbenomu studiju religija i religijskomu dijalogu, i time pridonositi sprječavanju njihove zloporabe iz političkih ili gospodarskih interesa, sprječavanju izazivanja ,,sukoba civilizacija”, a razvijanju suvremene globalne kulture čovječanstva koja se mora temeljiti na razumijevanju u raznolikosti koje sve obogaćuju. Religije imaju i velik potencijal moralnih načela i vrijednosti koje mogu pridonositi razvoju društvene i međunarodne solidarnosti, odgovornosti za druga živa bića i prirodu, razvoju kulture života u svijetu kojemu prijete mnogi oblici otuđenja: svođenja životnih odnosa na birokratske, legalističke, atomizirane, tehnologizirane, ekonomističke, profitne, konzumerističke, dehumanizirane oblike.
Filozofija propituje temeljna načela naše spoznaje i djelovanja, naših znanosti i tehnologije, naših odnosa prema ljudima i drugim bićima te cjelini prirode i stvorenoga svijeta, procjenjuje ih i usmjerava nas u životu. Fakultet filozofije i religijskih znanosti vodeći se načelom ‘Amor veritatis’, želi promicati filozofsku naobrazbu te filozofsko promišljanje koje kroz živo filozofiranje izlazi ususret te obuhvaća i upoznavanje svih razdoblja filozofije u svim kulturama u kojima se ona razvijala (starogrčkoj, arapskoj, modernoj europskoj, indijskoj, kineskoj i dr.), i propituje bitna i aktualna filozofska pitanja u svim područjima u suvremenom svijetu obilježenom brzim i dalekosežnim promjenama. U tom smislu Fakultet se također smatra pozvanim razvijati specijalizirane jedinice (centre, institute ili slično) radi dubljeg proučavanja pojedinih aspekata filozofije i religije te radi dijaloga s različitim područjima života (znanstvenim, ekonomskim, socijalnim i drugim).
Sve svoje djelatnosti Fakultet želi razvijati i u interdisciplinarnoj suradnji sa znanstvenicima i sa znanstvenim, obrazovnim i drugim institucijama u zemlji i svijetu.
Za ostvarenje tih vizija Fakultet će kontinuirano ulagati u svoje znanstveno-nastavno osoblje potičući ga na napredak i usavršavanje (po mogućnosti u inozemstvu), uključivati i vanjske vrhunske znanstvenike i stručnjake, i poboljšavati obrazovni proces u svim organizacijskim oblicima (predavanjima, seminarima, vježbama, istraživanjima, terenskome radu, pomoću znanstvenih skupova, tribina, radionica, uključujući oblike cjeloživotnog obrazovanja i dr.), razvijati izdavačku djelatnost i različite oblike diseminacije te primjene znanja i stečenih vještina.