Fakultet filozofije i religijskih znanosti sastavnica je Sveučilišta u Zagrebu, koja je ustrojena i djeluje sukladno vlastitomu statutu, koji je odobrio Senat Sveučilišta u Zagrebu, te u skladu s državnim i akademskim aktima Republike Hrvatske. Kao crkvena institucija Fakultet filozofije i religijskih znanosti djeluje sukladno kanonskom pravu Katoličke crkve i apostolske konstitucije Veritatis gaudium.
Fakultet filozofije i religijskih znanosti, koji je do ulaska u Sveučilište u Zagrebu imao naziv Filozofski fakultet Družbe Isusove, osnovala je i Statut odobrila Vatikanska kongregacija za katoličku naobrazbu (tal. Congregazione per l’Educazione Cattolica/ dei Seminari e degli Istituti di Studi/) dekretom od 31. srpnja 1989. godine. Time je Filozofski fakultet Družbe Isusove nastavio višegodišnju, dugo vremena i formalno sveučilišnu, tradiciju Družbe Isusove u poučavanju filozofije u Zagrebu, koja je započela 6. studenoga 1662 . te se nastavila osnutkom Sveučilišta u Zagrebu (1669.), koje su sve do ukinuća Družbe (1773.) vodili isusovci i na njemu poučavali filozofiju. Nakon ponovne uspostave Družbe (1814.) te povratkom u Zagreb isusovci su, vjerni svojoj tradiciji poučavanja filozofije, godine 1937. osnovali Filozofski institut s trogodišnjim studijskim programom, a godine 1953. i Teološki studij, koji potom, ali potpuno zasebno, djeluju pod nazivom Filozofsko-teološki institut Družbe Isusove. Godine 1983. Kongregacija za katoličku naobrazbu u Vatikanu formalno je priznala aktivnost Filozofskog studija te ga afilirala Filozofskom fakultetu Papinskoga sveučilišta Gregoriana u Rimu. Ista je Kongregacija na temelju rada i napretka Filozofskog studija svojim dekretom od 31. srpnja 1989. spomenuti Filozofski studij podignula na razinu filozofskog fakulteta siti iuris s pravom podjeljivanja stupnjeva iz filozofije u ime i ovlašću Svete Stolice.
Senat Sveučilišta u Zagrebu je 8. veljače 1994. donio je odluku kojom su se studijski programi filozofije i religijske kulture Filozofskog fakulteta Družbe Isusove izvodili unutar Hrvatskih studija Sveučilišta u Zagrebu. Sveučilište u Zagrebu i Filozofski fakultet Družbe Isusove potpisali su 16. listopada 1997. Ugovor o dugoročnoj znanstveno-nastavnoj suradnji kojim će se sve do ulaska u sastav Sveučilišta u Zagrebu regulirati odnosi između Sveučilišta u Zagrebu i Filozofskog fakulteta Družbe Isusove u Zagrebu. Filozofski fakultet Družbe Isusove izradio je nove studijske programe sukladno zakonskim odredbama i dobio valjane dopusnice.
Proces uključivanja Filozofskog fakulteta Družbe Isusove u Zagrebu kao ustanove u sastav Sveučilišta u Zagrebu, i to pod novim imenom kao »Fakultet filozofije i religijskih znanosti«, bio je iniciran 23. ožujka 2015. Pismom očekivanja u postupku reakreditacije Sveučilišta u Zagrebu za obavljanje dijela djelatnosti preko sveučilišnog centra Hrvatskih studija na Filozofskom fakultetu Družbe Isusove, u kojemu je na temelju mišljenja međunarodnog akreditacijskog povjerenstva tadašnji ministar znanosti, obrazovanja i sporta Republike Hrvatske prof. dr. sc. Vedran Mornar zamolio rektora Sveučilišta u Zagrebu prof. dr. sc. Damira Borasa da u okviru propisane autonomije Sveučilišta riješi status Filozofskog fakulteta Družbe Isusove, što je i realizirano odlukom Senata i potpisivanjem Ugovora. Ugovor su 29. srpnja 2016., na temelju Odluke Senata Sveučilišta u Zagrebu od 8. prosinca 2015. supotpisali prof. dr. sc. Damir Boras, rektor Sveučilišta u Zagrebu te RP Ante Tustonjić, provincijal Hrvatske provincije Družbe Isusove u svojstvu zamjenika Velikoga kancelara Fakulteta.